Der damals noch junge Zeichner begann seine Karriere beim Charlton-Verlag und zeichnete dort unter anderem für die Serie Captain Atom. Später arbeitete er für den Verlag Gold Key Comics, bei dem er den etwas bekannteren Comichelden "The Phantom" zeichnen durfte. Durch diese Arbeiten wurde DC Comics auf ihn aufmerksam und man übertrug ihm die Phantom-Stranger-Serie.
Einmal gestaltete er ein Aufeinandertreffen zwischen Stranger und Batman. Seitdem zählt Batman zu Jim Aparos Lieblingshelden: "Ich hatte eben Glück, dass ich so lange an einem meiner Lieblingshelden arbeiten durfte. Und ihn gemeinsam mit anderen DC-Helden zu zeichnen, machte noch viel mehr Spaß."
Aparos Zeichnungen trugen zu vielen Batman-Comicerfolgen bei. Unter anderem zeichnete er "Death in the Family", "Ten Nights of the Beast" und "Many Deaths of Batman".
1991 wechselte er von der Batman-Serie zu Detective Comics, nur um ein Jahr später wieder für die Batman-Serie zu zeichnen. Bis zur 500. Ausgabe blieb er Batman erhalten, dann wechselte er zu Green Arrow und zeichnete dort bis zur 100. Ausgabe. Danach verabschiedete er sich in seinen Halb-Ruhestand.
Aber auch heute noch schwärmt der Alt-Meister von Batman: "Ich mochte ihn schon immer. Als Kind war Batman schon einer meiner Lieblingscharaktere und ich habe ständig die Heftchen gelesen. Ich meine, wer hat das damals nicht getan? Wahrscheinlich mögen ihn so viele, weil er anders als Superman, ein Mensch ist. Er kann verletzt oder getötet werden wie wir, und trotzdem macht er immer weiter."
Zu seinen Arbeiten zu "Knightfall" in der Batman das Rückgrat von Bane gebrochen wird, sagt Jim Aparo folgendes: "Das war hart. Ich betrachtete ihn fast schon wie einen Bruder. Ich arbeite schon so lange mit dieser Figur. Ja, das ist eine emotionale Sache. Aber genau dann liefern die Künstler ihre besten Arbeiten ab."